شورای نگهبان در نشست ۲۲ آذرماه خود، طرح دوفوریتی مجلس را که اجازه می‌داد پیروان ادیان توحیدی به شوراهای شهر و روستا راه یابند رد کرد.
در نامه‌ای با امضای محمدرضا علیزاده، قائم‌مقام شورای نگهبان، که ساعاتی پیش منتشر شد موارد زیر آمده است:
رییس محترم مجلس شورای اسلامی
عطف به نامه شماره‌ی ۸۱۰۸۴/۳۴۱ مورخ ۲۵/۰۹/۱۳۹۶؛
طرح دوفوریتی اصلاح قانون تشکیلات، وظایف و انتخابات شورای اسلامی کشور و انتخاب شهرداران
مصوب جلسه مورخ بیست و دوم آذر ماه یک‌هزار و سیصد و نود و شش مجلس شورای اسلامی در جلسه مورخ ۲۲/۹/۱۳۹۶ شورای نگهبان مورد بحث و بررسی قرار گرفت که نظر این شورا به شرح زیر اعلام می‌گردد:
۱- نظر به اینکه طبق اصل ۱۳ قانون اساسی جمهوری اسلامی ایران اقلیت‌های دینی در حدود قانون در انجام مراسم دینی خود آزادند و در احوال شخصیه و تعلیمات دینی بر طبق آیین خود عمل می‌کنند و نیز به تجویز فراز دوم اصل ۶۴ قانون اساسی نمایندگانی را برای مجلس شورای اسلامی انتخاب می‌نمایند، لذا با توجه به اصول مذکور و نیز با عنایت به مفاد اصول ۱۰۰ و ۱۰۵ و مفهوم اصل ۱۲ قانون اساسی، تبصره‌ی ۱ ماده‌ی ۱ مغایر قانون اساسی شناخته شد.
علاوه بر این عضویت افراد غیرمسلمان در شوراهای اسلامی شهر و روستا در مناطقی از کشور که اکثریت مردم آن‌ها مسلمان و پیرو مذهب رسمی کشور هستند با توجه به اینکه تصمیمات این شوراها در خصوص مسلمین بدون لزوم رسیدگی به آن در شورای نگهبان لازم‌الاتباع خواهد بود و با عنایت به نص فرمایشات بنیان‌گذار جمهوری اسلامی ایران حضرت امام خمینی علیه‌الرحمه در تاریخ ۱۲/۷/۱۳۵۸ مذکور در صحیفه نور (جلد ۶، چاپ ۱۳۷۱، صفحه ۳۱) خلاف موازین شرعی شناخته شد.
۲- در تبصره‌ی ۲ ماده‌ی ۱، اعتقاد و التزام عملی داشتن به اصول دین خود از سوی اقلیت‌های دینی خلاف موازین شهر شناخته شد.
۳- ماده ۴، مبینا به ایرادات فوق، اشکال دارد.
محمدرضا علیزاده، قائم‌مقام دبیر شورای نگهبان
گفتنی است طرحی که مجلس شورای اسلامی در نشست‌های ۸ و ۲۱ آذرماه کلیات و جزییات آن را تصویب کرده بود و با مخالفت شورای نگهبان روبه‌رو شد از قرار زیر است:
ماده ۱ ـ دو تبصره به عنوان تبصره‌های یک و دو به ماده ۳۰ (۲۶) قانون تشکیلات، وظایف و انتخابات شوراهای اسلامی کشور و انتخاب شهرداران مصوب اول خرداد ماه ۱۳۷۵ به شرح ذیل الحاق و شماره تبصره‌های این ماده اصلاح می‌شود:
تبصره ۱: اقلیت‌های دینی شناخته شده در قانون اساسی ساکن در شهرها و روستاهای کشور می‌توانند نامزد انتخابات شوراهای اسلامی همان شهر و روستا شوند.
تبصره ۲: اقلیت‌های دینی شناخته شده در قانون اساسی به جای اسلام باید به اصول دین خود اعتقاد و التزام عملی داشته باشند.
ماده ۲ ـ یک تبصره به ماده ۶۳ این قانون به عنوان تبصره ۱ الحاق و شماره تبصره‌های این ماده اصلاح می‌شود.
تبصره ۱ ـ دبیرخانه دایمی هیات مرکزی نظارت بر انتخابات در مجلس شورای اسلامی در اجرای ماده ۵۳ این قانون با امکانات موجود مجلس شورای اسلامی مستقر می‌شود. کمیسیون شوراها و امور داخلی کشور موظف است، آیین نامه نظارتی این تبصره را حداکثر ظرف مدت ۶ ماه تهیه کرده و به منظور تصویب در اختیار کمیسیون آیین نامه داخلی مجلس شورای اسلامی قرار دهد.
ماده ۴ ـ این قانون از زمان برگزاری انتخابات دوره پنجم شوراهای اسلامی شهر و روستا لازم الاجرا می باشد.
دست رد شورای نگهبان بر مصوبه‌ی مجلس؛ شورای نگهبان با ورود اقلیت‌ها به شوراها مخالفت کرد
